学校法人の収入はすべてが課税されるわけではありません。継続して事業場を設けて営まれる次に限定列挙された事業について課税されます。
1.物品販売業、2.不動産販売業、3.金銭貸付業、4.物品貸付業、5.不動産貸付業、6.製造業、7.通信業、8.運送業、9.倉庫業、10.請負業、11.印刷業、12.出版業、13.写真業、14.席貸業、15.旅館業、16.料理店業その他の飲食業、17.周旋業、18.代理業、19.仲立業、20.問屋業、21.鉱業、22.土石採取業、23.浴場業、24.理容業、25.美容業、26.興行業、27.遊技所業、28.遊覧所業、29.医療保険業、30.洋裁、和裁、着物着付け、編物、手芸、料理、理容、美容、茶道、生花、演劇、園芸、舞踊、舞踏、音楽、絵画、書道、写真、工芸、デザイン、自動車操縦若しくは小型船舶の操縦(以下、技芸という)の教授、31. 駐車場業、32.信用保証業、33.その他工業所有権その他の技術に関する権利又は著作権の譲渡又は提供を行う事業
(法人税法第2条13号、施行令5条1項)
これらは、法人税の申告のうえで収益事業が決算書から区分経理されていれば問題ありません。したがって、(期末に処理することが可能なら)期中に通常の帳簿とば別に収益事業用の補助簿をつけたり部門経理する必要はありません。