学校法人は教育を目的として存在し、教育運営上も学費・補助金は教育目的に充てられるべきです。したがってれ以外の業である、投資・投機などに資金が使われるのは、本来のぞましいことではありません。
しかし、奨学基金や新校舎建築積立金・退職積立金など、運用せずに放っておくのも望ましいとはいえません。基本的には元本保証があり、価格変動のない安全確実な金融商品(国債・定期預金・政府保証債など)での運用がのぞましいといえます。もっとも、一例として上場株式を寄附で受け入れそれを売却する程度の行為なら、法人に運用リスクがないので、許容範囲内だと思われます。
そのとき、いわゆる有価証券売却損益が発生するとおもわれます。これに該当する金額は消費収支計算書中の大科目「資産処分差額」の中に「有価証券処分差額」等の小科目を設けて記載することが望ましいといえます。