一般的には不動産を取得したとき、登録免許税や不動産取得税が課税されます。ただし学校法人には特例があります。
登記のときに要する登録免許税は、以下に該当し所定の証明書を申請時に添付した場合、非課税となります。
1.校舎、寄宿舎、図書館その他保育または教育上直接必要な附属建物の所有権(賃借権を含む)登記
2.校舎等の敷地、運動場、実習用地、その他直接に保育又は教育の用に供する土地の権利(土地の所有権及び土地の上に存する権利をいう)の取得登記
不動産取得税にも非課税措置があります。学校法人がその設置する学校において直接または教育の用に供するため取得する不動産、設置する寄宿舎で学校教育法1条の学校または同法第82条の2の専修学校にかかわるものにおいて直接その用に供するために取得する不動産は、非課税申告書を提出することにより非課税となります。