現在の監査基準では、リスクアプローチによる監査を考えの基本としています。つまり学校法人に存在するリスク（固有リスク・統制リスク）を監査人が分析し、それが内部統制により解消されている場合をのぞいて、実証性テストという監査手続を実施することになっています。

内部統制は法人内部で理事者が構築するものです。内部統制がしっかりしていないと、実証性テストをより多く実施する必要があるため、監査報酬が高く査定されてしまいます。（最悪、監査不能というケースも）

内部統制は業務の効率化にもつながるものです。経験のある公認会計士をはじめとする会計専門家の指導のもと、しっかりしたものを用意しておきたいものです。

ただ学校法人会計は、非常に特殊分野です。値段や「近いから」という程度で判断してしまうと、期待した水準でなかった・・・というリスクもあります。実際に契約するときは、報酬額もさることながら、ある程度情報提供してもらって（監査経験年数・監査実績校・会計知識に関する質疑応答等）監査人を選定する必要があるでしょう。

ただし、従来の監査人の意見と対立して、新たに都合のいい監査人を据えることは「オピニオン・ショッピング（意見買い）」といって、実務上禁止されています。