仕訳はいちおう、以下のようになります。

例：授業料１０００のうち、３００は授業料軽減補助金を受領した。したがって、父母からは７００の授業料入金があった。

（資金収支計算書）
　（支払資金）７００　（授業料収入）７００　
　（支払資金）３００　（補助金収入）３００
（消費収支計算書）
　（現金預金）７００　（授業料）７００
　（現金預金）３００　（補助金）３００

表示上は、補助金は授業料の一部を構成するため
以下のような表示になります

　授業料収入　　　１０００
　授業料軽減補助　△３００

ただし都道府県自治体によっては、これ以外の処理を指示している場合もあります。
とくに補助金の宛名が父母か学校かによって処理が異なるケースが多いようです。

以下、都の監査事務局でなされた指摘です。

都内生就学補助に係る都内在学生徒の算定を適正に行うべきもの局は、私立高等学校への都内生徒の就学促進を図るため、都内在住の１年生の生徒数に応じ、都内生就学補助金を交付することとしており、補助額は保護者（親権者）等の住所により決定されているが、都内在住生徒数を調査したところ、９学校法人において、誤って都外に保護者の住所がある生徒を含め申請したことにより、448万円が過大に交付されている。

以下、東京都監査事務局からの指摘です

私立学校経常費補助は、１週間に５日以上勤務する教職員の人数に応じて、その人件費の一部を補助するとしており、この補助金を申請する場合には、校長を含む全教職員の出勤簿を備えておかなければならない。

しかし、学校法人Ｅ学園における補助金交付状況を見たところ、校長の出勤簿が備えられておらず、勤務実態が確認できないまま補助金が交付されている。（補助金約429万円の過大交付）

実際の処理として、授業料は通常通り学校に入金され、所得に応じた金額が父母に返金されることになります。したがって法人の収入にはならないものですから、自治体からの入金は「預り金収入」として処理し、父母に返金した段階で「預り金支出」として処理するのがただしいようです。

また学校独自の奨学金制度などを創設している学校では、父母の負担額が支援金の額より少ない場合もあります。その場合、学則や奨学金規則の改訂が必要になる場合もあります。（例：「奨学金の金額は、授業料から就学支援金の支給額を差し引いた金額とする」）一部自治体では、４月以降の理事会で学則・規定等の改訂をおこない遡及してこれらを適用することも認めているところもあるようですが、次年度予算を作成する都合がありますので可能なら２１年度中の理事会で処理しておきたいものです。

（投稿日現在の情報に基づく記事です。今後実務で公式発表などがある場合には、そちらを参照ください。）

（詳細は所轄にご確認ください）要約しますと、経常費補助のうち人件費相当額の証明書について使途特定を行うという趣旨の文書です。

これは千葉県独自の補助金交付方式（総枠方式）によるため、明確に消費税法上の使途分類ができないため、証明書を発行してもらう方式がとられているとおもいわれます。

しかしその中には、不課税収入に該当するものも含まれます（例：人件費補助）
人件費のなかでも、通勤手当は「使途特定の特定収入」となります。

これらを区分して、ただしく申告する事が必要です。