監査報酬は監査上のリスクを検討したうえで決定されますが、やはり監査法人・公認会計士により「高い・安い」というのはあるようです。日本公認会計士協会で実施している「監査実施状況調査」が実態把握の参考になるとおもいます。
ただ学校法人会計は、非常に特殊分野です。値段や「近いから」という程度で判断してしまうと、期待した水準でなかった・・・というリスクもあります。実際に契約するときは、報酬額もさることながら、ある程度情報提供してもらって(監査経験年数・監査実績校・会計知識に関する質疑応答等)監査人を選定する必要があるでしょう。
ただし、従来の監査人の意見と対立して、新たに都合のいい監査人を据えることは「オピニオン・ショッピング(意見買い)」といって、実務上禁止されています。